Фамилия Гнатий — редкий случай, когда суффикс -ий сразу указывает на украинское или польское происхождение. В русской традиции такие фамилии обычно заканчиваются на -ов или -ин, а здесь мы видим усечённую форму, характерную для западнорусских земель. Основа — Гнат, народный вариант крестильного имени Игнатий (от латинского ignis — «огонь»). В украинском и белорусском языках начальное «и» отпало, а «г» осталось твёрдым: Гнат, Гнатенко, Гнатовский.

Сама фамилия Гнатий образована напрямую от имени без дополнительных притяжательных суффиксов. Это так называемая «полуотчество» или «именная» модель, когда фамилия совпадает с личным именем в бытовой форме. В XV–XVII веках так могли записать человека, который ещё не получил наследственного прозвания: «Иван Гнатий» — то есть Иван, сын Гната. Позже это закрепилось за его потомками.

Встречается фамилия преимущественно на западе Украины — в Тернопольской, Львовской, Ивано-Франковской областях, а также среди украинской диаспоры. В России она редка, хотя отдельные носители есть на Кубани и в Сибири — следы переселений конца XIX — начала XX века. Иногда путают с фамилией Гнатюк (украинский суффикс -юк, означающий «маленький» или «потомок»), но Гнатий — это именно прямая форма без уменьшительности.

С точки зрения словообразования интересно, что в польском языке аналогичная фамилия звучала бы как Gnaciński или Gnacki, с типичными польскими суффиксами. Украинский вариант сохранил более архаичную конструкцию, близкую к древнерусской традиции называть человека просто по имени без наращений. Именно эта простота и делает фамилию Гнатий ценной для историков: она застыла в той форме, в какой её носил первый носитель, не подвергшись позднейшим переделкам.