Фамилия Гнеденкова — женская форма, образованная от мужской Гнеденков. В её основе лежит прозвище Гнедой. Гнедым на Руси называли лошадь с тёмно-рыжей мастью, почти медного оттенка. Но прозвище могли дать и человеку — скорее всего, за яркий рыжий цвет волос, который бросался в глаза и запоминался.

В истории фамилии интересен не столько корень, сколько модель образования. Сначала появилось прозвище Гнедой. От него — патроним Гнеденко (с уменьшительно-ласкательным или «сыновним» суффиксом -енко, характерным для украинской и южнорусской традиции). Затем, по одной из версий, носители фамилии Гнеденко переселились в центральные или северные области России, где фамилии на -енко нередко «обрусевали» — к ним добавляли типичный русский суффикс -ов. Так возникла фамилия Гнеденков, а от неё — Гнеденкова.

Суффикс -енко в основе — редкая деталь для русской фамилии с окончанием -ов. Обычно такие фамилии указывают на украинские корни предка или на длительное бытование фамилии в пограничных землях. Поэтому можно предположить: род Гнеденковых — выходцы с территории современной Украины или юга России, где форма Гнеденко была исходной.

Фамилия встречается нечасто. Среди носителей нет широко известных исторических фигур, но это не делает её менее ценной для семейной истории: каждое поколение Гнеденковых хранит память о предке, которого в своё время прозвали за рыжий цвет волос.