Фамилия Гнеденко ведет свое начало от прозвища Гнедой. Оно происходит от прилагательного «гнедой», которое обозначает темно-рыжий окрас у лошади, но могло использоваться как прозвище, данное человеку с необычайно насыщенным медно-рыжим цветом волос. Так и прозвище Гнедой закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Гнеденко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гнедой, со временем получил фамилию Гнеденко.