Фамилия Гнеденкову — форма родительного или дательного падежа от фамилии Гнеденков, которая образована по самой распространённой в России модели: от основы через суффикс -ов. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, носил прозвище или нецерковное имя Гнеденко (или Гнедок), а его потомки стали Гнеденковыми. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Гнеденков, то есть сын, внук или человек из рода Гнеденко.

Корень фамилии — гнед-, связанный с мастью лошадей. «Гнедой» — это конь рыже-бурого цвета с чёрным хвостом и гривой. Прозвище Гнеденко (с уменьшительным суффиксам -енк-, распространённым на юге России и в Украине) могли дать человеку за цвет волос — рыжеватый или тёмно-русый с рыжиной, либо за сходство с норовистым гнедым конём. В старину прозвища по масти лошади были обычны: Гнедой, Гнедко, Гнедаш — их давали не только за внешность, но и за характер: упрямство, горячность, резвость.

Интересная деталь: фамилия Гнеденков встречается в основном в южнорусских и украинских регионах, где суффикс -енко (впоследствии русифицированный в -енков) был особенно активен. Если бы предок жил севернее, фамилия, скорее всего, звучала бы как Гнедов или Гнедков. Форма Гнеденкову — это уже падежное изменение (кому? Гнеденкову), которое в документах или устной речи могло закрепиться как постоянная фамилия, если носитель был, например, записан в ревизских сказках в дательном падеже («выдано Гнеденкову»). Такое иногда случалось при небрежном заполнении метрик.

Однокоренные фамилии — Гнедой, Гнедин, Гнедаш, Гнедко. Все они, скорее всего, восходят к одному и тому же прозвищу, но различаются по региону и словообразовательной модели. Фамилия Гнеденкову редкая, её носители могли быть крестьянами или казаками — прозвища по масти лошади особенно характерны для конных сословий и сельских жителей, тесно связанных с коневодством.