Фамилия Гнеденков — одна из тех, где за привычным русским окончанием скрывается нетипичная для великорусских земель история. Её основа — прозвище Гнедой, которое давали человеку за цвет волос, напоминающий масть лошади: тёмно-рыжий, медный, с красноватым отливом. Рыжина на Руси всегда была заметной приметой — редкой, а потому цепкой. Прозвище легко прилипало к человеку и часто вытесняло крестильное имя.

Но ключевая деталь Гнеденкова — не корень, а суффикс. В фамилии отчётливо видна украинская или белорусская модель на -енко, которая затем была русифицирована добавлением -ов. Исходная форма — Гнеденко — типична для Левобережной Украины и южных областей России, где фамилии на -енко в XVII–XVIII веках были едва ли не самой массовой моделью. Перебравшись севернее, в великорусские губернии, носитель фамилии или его потомки «обрусели» окончание, подстроив его под местную норму: так Гнеденко превратился в Гнеденкова.

Версия о прямом происхождении от прилагательного «гнедой» — основная. Менее вероятно, но допустимо, что прозвище могло относиться к коновалу или человеку, работавшему с лошадьми гнедой масти. Однако ономастическая логика чаще связывает цветовые прозвища с внешностью самого человека, а не с его профессией: слишком уж наглядна примета.

Словообразовательная цепочка выглядит так: прозвище Гнедой → патроним (отчество) Гнеденко («сын Гнедого») → фамилия Гнеденков. Суффикс -енко в украинской традиции означал «маленький», «сын», а при переносе на русскую почву его дополнили фамильным -ов, чтобы привести к привычному для центральных губерний стандарту. В результате фамилия сохранила память и о южном происхождении предка, и о его яркой внешности.