Фамилия Гнойко звучит неблагозвучно, но за ней стоит прозвище, а не медицинский диагноз. Это типичная украинская фамилия, образованная от слова «гній» (гной). Вопреки интуиции, называли так не больного человека. В народной медицине и быту «гноем» могли прозвать мнительного, брезгливого человека, который вечно боится «подхватить заразу», или, наоборот, того, кто постоянно копается в ранах — своих или чужих. Есть и другая версия: в некоторых говорах «гной» означало навоз, жижу, грязь — тогда прозвище давали неопрятному, нечистоплотному крестьянину.

Модель образования фамилии — суффикс -к(о), характерный для украинских и южнорусских фамилий. Он придаёт основе уменьшительно-ласкательный или, в данном случае, пренебрежительный оттенок. Гнойко — это буквально «гнойный человек», «грязнуля». В официальные документы фамилия попала из прозвища, которое закрепилось за предком в казацкой среде или среди крестьян Правобережной Украины.

Географически фамилия тяготеет к центральным и западным областям Украины: Черкасской, Киевской, Винницкой, Хмельницкой. В России она редка и встречается в основном на Кубани и в Ростовской области, куда переселялись украинцы. Среди однокоренных — Гноевой, Гноевых, Гнойный, но Гнойко стоит особняком благодаря характерному украинскому суффиксу, который сразу выдает происхождение носителя.

В отличие от многих фамилий, у Гнойко нет версии происхождения от крестильного имени или названия профессии. Это чисто прозвищная фамилия, и её значение лежит на поверхности. Споров среди этимологов нет: корень «гной» в восточнославянских языках всегда имел негативную окраску, и фамилия отражает не столько физический недуг, сколько черту характера или поведение, которое заметили окружающие.