Фамилия Гноенко — один из тех случаев, когда внешне неприятная основа на деле оказывается нейтральной или даже профессиональной. Чтобы понять её происхождение, не нужно искать в ней негативный смысл, который бросается в глаза современному носителю русского языка.

Корень «гн-» родствен слову «гной», но в древнерусском языке и диалектах «гной» означал не только воспалительную жидкость. В говорах «гной» — это влага, сырость, навоз, перегной, а также топкое, болотистое место. Человек с прозвищем Гной мог жить на сырой низине, работать с удобрениями или выделывать кожи (кожевенное дело исторически связано с гниением и размягчением шкур). Прозвище было описательным, без оскорбительного оттенка.

Суффикс «-енко» — типичный для украинской и южнорусской ономастики. В XVI–XVIII веках на землях современной Украины и Черноземья «-енко» означало «сын» или «потомок». Гноенко — буквально «сын Гноя», то есть человек, чей отец носил прозвище Гной. Такая модель образования фамилий была массовой в казацкой среде и среди крестьян Левобережной Украины, поэтому логично искать корни фамилии именно в этих регионах.

Фамилия редкая, в дореволюционных переписях встречается точечно. Она не имеет отношения к дворянству или духовенству — это народная, крестьянская или казацкая фамилия, возникшая в бытовой среде. Её однокоренные «родственники» — Гноевой, Гноев, Гнойный — тоже встречаются, но все они хранят ту же профессиональную или географическую привязку, а не медицинский смысл.

Таким образом, Гноенко — это не «гнилой» человек, а потомок того, кого в деревне прозвали за связь с сыростью, землёй или ремеслом. Фамилия говорит о среде, из которой вышел род, и о практическом, лишённом брезгливости взгляде предков на мир.