Фамилия Гноинский образована по классической модели с суффиксом -ск-, который в восточнославянской традиции чаще всего указывал на принадлежность к местности или роду. В основе лежит прозвище Гнойный, а само значение слова «гной» в народной речи было шире, чем в современном медицинском языке.

Основная версия — прозвище дали крестьянину, который «гноил пашню», то есть удобрял землю навозом. В старых говорах «гной» означал именно навоз, назем, скотский помёт. Человек, занимавшийся таким трудом, получал прозвище Гнойный, а его потомки — фамилию Гноинские. Здесь суффикс -ин- притяжательный, а -ск- уже оформляет фамилию как родовую, по образцу княжеских и дворянских фамилий (от названия места или владения).

Есть и другая версия — от прямого значения «гной» как жидкости из раны. Прозвище Гнойный мог получить человек, страдавший кожными нарывами или язвами. В некоторых говорах так же называли скрягу, скупого — по ассоциации с чем-то липким и неприятным. Но эта версия менее вероятна: прозвища по болезни давали реже, чем по роду занятий, а фамилии на -ский изначально были более «статусными» и редко образовывались от прозвищ с отрицательной окраской.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Гноевой, Гноев, Гнойный — показывает, что Гноинский стоит особняком. Суффикс -ск- мог указывать на происхождение из конкретного села или хутора с названием вроде Гнойно, Гнойное. Такие топонимы встречаются в западнорусских и украинских землях, где «гной» в значении «навоз» был обычным словом для обозначения удобренной земли. Возможно, предок Гноинских был не просто крестьянином, а владельцем или жителем такого места.

Фамилия редкая, в дореволюционных метриках встречается эпизодически, преимущественно в южных губерниях Российской империи. Сословная принадлежность — скорее всего, крестьянская или однодворческая, но форма на -ский иногда встречалась и у духовенства, если семья происходила из села с соответствующим названием.