Фамилия Гноевая — женская форма от Гноевой, а в её основе лежит прозвище, которое давали по роду занятий или по внешнему виду. В большинстве случаев прозвище Гноевой восходит к слову «гной» в старом значении «навоз, назем, скотский помет». Так могли назвать крестьянина, который «гноил пашню», то есть удобрял землю навозом и перегноем. Это рабочее, бытовое прозвище, без негативного оттенка — скорее, характеристика труда.

Но есть и другая версия, связанная с медициной: «гной» — это жидкость, отделяющаяся от раны или нарыва. В этом случае прозвище мог получить человек с гнойными язвами на теле. В некоторых говорах тем же словом называли скрягу, скупого до мелочей человека. Какая из версий верна — сказать трудно, но первая, «земледельческая», встречается чаще: в русских фамилиях на -ой/-ая ремесленные прозвища составляют большой пласт.

Сама модель образования — Гноевой (основа) + окончание -ая — типична для русских фамилий, где прилагательное согласуется с существительным в женском роде. Такие фамилии обычно принадлежали крестьянскому или мещанскому сословию, где прозвища были живыми и прямыми. Потомок человека по прозвищу Гноевой со временем получил фамилию Гноевой, а его жена или дочь — Гноевая.