Фамилия Гобернюк — яркий пример восточнославянской модели образования с суффиксом -ук/-юк, распространённой на западе Украины и в Беларуси. Этот суффикс указывает на принадлежность: Гобернюк — потомок или человек, связанный с человеком по прозвищу Гоберня. Само прозвище, скорее всего, происходит от диалектного слова «гоберня» или «габерня», которое в польском и украинском языках означало «голень», «берцовая кость», а в переносном смысле — длинноногого или худого человека. Так могли прозвать кого-то с заметно длинными ногами или своеобразной походкой.

Версия с польским влиянием тоже заслуживает внимания. В польском языке есть слово «gobiernia» (устаревшее, от «gobić» — обрабатывать, приводить в порядок), но оно крайне редкое и не даёт убедительной бытовой основы для прозвища. Более правдоподобно, что корень связан с украинским «гобер» — вариант «гомбер» (вид ткани или одежды, мешковина), но и эта версия уступает первой по частоте встречаемости в ономастических источниках.

Географически фамилия тяготеет к Волынской и Ровенской областям Украины, где суффикс -юк — один из главных маркеров фамилий. Встречается она и в приграничных районах Беларуси, что подтверждает западнорусское происхождение. В отличие от фамилий на -енко (восток Украины), модель на -ук/-юк чаще фиксирует не просто сына, а именно младшего члена семьи или ученика мастера.

В целом, Гобернюк — фамилия прозвищная, антропонимическая, не связанная с профессией или географическим названием. Её основа — меткое народное прозвище, которое в XIX веке закрепилось за целым родом.