Фамилия Годочкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а церковный календарный термин. Её ядро — слово «годок» в значении «год» (уменьшительно-ласкательная форма). В дореволюционной России так называли ребёнка, родившегося в определённый годовой праздник или, что вероятнее, в «годовой» день — то есть в день, когда в церкви совершали годичное поминовение (годовщину) или начинали годовой круг богослужений. Суффикс -к- здесь уменьшительный, а -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Годочкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Годок.

Есть и вторая, более прозаичная версия: «годок» в некоторых говорах означало «сверстник», «ровесник». В этом случае прозвище Годок могли дать человеку, который был одних лет с кем-то важным в общине (например, с помещиком или со старостой). Но первая версия — с привязкой к календарю — выглядит убедительнее, потому что у фамилии есть «календарные» родственники: Годов, Годин, Годовиков. Все они ведут происхождение от одного корня, но Годочкин стоит особняком из-за редкого суффикса -очк-, который обычно встречается в ласкательных формах имён (Васёк — Васёчкин). Это намекает на то, что прозвище Годок было не обидным, а скорее домашним, внутрисемейным.

Социальный контекст типичен для русских фамилий на -ин: она закрепилась в крестьянской или мещанской среде, где отчества и прозвища передавались по наследству без изменений. В дворянской среде такие фамилии почти не встречались. Географически фамилия Годочкин тяготеет к центральным и северным губерниям России — там, где диалектное слово «годок» в значении «год» было в ходу.

Сегодня фамилия редкая. В открытых базах данных она фиксируется единично, в основном в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центра. Скорее всего, предки носителя фамилии были либо церковными служителями низшего ранга (пономарями, дьячками), для которых календарный отсчёт был частью быта, либо просто крестьянами, получившими прозвище по случайному, но запомнившемуся поводу. Спорных версий здесь нет: «годок» — слово прозрачное, и попытки связать его с «годовалым» (однолетним) животным или «годить» (ждать) слабы, так как не объясняют суффикса -очк-.