Фамилия Гоибова звучит для русского уха необычно, но её происхождение прозрачно. Это женская форма фамилии Гоибов, и оба варианта указывают на тюркские или иранские корни, скорее всего, связанные с таджикским или узбекским языком. Основа — слово «гоиб» (или «гайиб»), которое в этих языках означает «невидимый», «отсутствующий» или, в религиозном контексте, «сокрытый» (один из эпитетов высших сил). Таким образом, фамилия восходит к прозвищу или личному имени Гоиб — так могли назвать ребёнка, который родился после долгого отсутствия отца, или же человека, которого считали скрытным, таинственным.

Суффикс -ов в русской передаче типичен для адаптации нерусских фамилий: он указывает на принадлежность («чей?»), то есть Гоибов буквально означает «сын (или потомок) Гоиба». В среде, где фамилия возникла, она могла оформляться иначе — через суффикс -и или вовсе без него, но при записи в российских документах получила привычное окончание. Географически фамилия Гоибова чаще всего встречается среди народов Средней Азии, особенно у таджиков и узбеков, где имя Гоиб (Гайиб) до сих пор бытует.

С точки зрения социального контекста, фамилия не указывает на дворянство или конкретное ремесло — это типичная патронимическая фамилия, образованная от личного имени. Если предки носили её, они были, скорее всего, простыми людьми, возможно, земледельцами или ремесленниками, а фамилия закрепилась за родом в XIX–XX веках при массовой паспортизации. В русском языке она сохраняет ударение на втором слоге: Гои́бова.