Фамилия Гоигорьев — редкий случай, когда ошибка или диалектное произношение закрепились в официальном документе. В основе лежит имя Григорий, но с характерной для некоторых северных и южнорусских говоров перестановкой звуков: «Григорий» превращалось в «Гоигорий» (ср. «работа» — «робота», «трава» — «тарова»). Такая метатеза (перестановка) встречается в фамилиях Гоигорьев, Гойгорьев и даже Гойгоров.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Гоигорьев буквально означает «сын Гоигория». Формально фамилия образована по той же модели, что и Григорьев, но от народного, неканонического варианта имени. В метрических книгах XIX века можно встретить запись «Гоигорий» как просторечную форму, особенно в среде крестьян и мещан, где грамотность была невысокой, а писарь записывал имя на слух.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным аканьем или, наоборот, с оканьем, где гласные могли меняться местами. Встречается в Вологодской, Архангельской губерниях, а также в казачьих областях — на Дону и Кубани, где говор был подвижным и допускал такие фонетические сдвиги.

Сословная принадлежность предков — почти наверняка крестьяне или однодворцы. Фамилия недворянская, не встречается в родословных книгах. Её носители — люди, чьё имя в официальных бумагах записали «как слышалось», и это закрепилось на поколения.