Фамилия Голобута — один из тех редких случаев, когда прозвище почти не изменилось, перейдя в наследственное именование. В ней нет типичных фамильных суффиксов (-ов, -ев, -ин), поэтому она застыла в своей первоначальной форме, как и многие украинские и белорусские фамилии. Носитель такой фамилии, скорее всего, происходил с территории современной Украины или юго-запада России, где подобные бессуффиксные фамилии особенно распространены.

Слово «Голобута» состоит из двух корней: «гол(о)» и «бута». Первая часть прозрачна — она указывает на отсутствие чего-то, наготу, бедность. Вторая часть сложнее. В украинском языке «бута» — это устаревшее название обуви, башмака, иногда — просто «обувка». Таким образом, прямое значение прозвища Голобута — «босой», «ходящий без обуви». Это прозвище по внешнему признаку: так могли назвать бедняка, у которого не было сапог, или человека, который по рассеянности или привычке ходил босиком.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «бута» могло означать «пышность», «чванство», «спесь». Тогда Голобута — это «голая спесь», то есть человек, который важничает, не имея на то реальных оснований, пустой хвастун. Такое прозвище давали с иронией. Однако первая версия — про босого бедняка — выглядит более естественной и распространённой для народной ономастики.

С точки зрения словообразования, фамилия Голобута стоит в ряду таких же «говорящих» сложных прозвищ, как Голоштан (бедный, без штанов), Голопуп (голый, бедный) или Голобородько (безбородый). Все они объединены первой частью «голо-», указывающей на нехватку. В сословном плане фамилия явно простонародная: её мог получить крестьянин или казак, причём прозвище, скорее всего, закрепилось за ним в молодости или как насмешливое уличное имя.

Искать известных исторических носителей этой фамилии сложно из-за её редкости. В дореволюционных метрических книгах она встречается эпизодически, преимущественно на территории Полтавской и Черниговской губерний. Сегодня Голобута — фамилия, которая почти не изменила своего звучания за несколько веков, сохранив прямую отсылку к бытовой детали жизни предков.