Фамилия Голобутовский — редкий пример, где вопрос сразу к основе, а не к суффиксу. Типологически это типичная фамилия на -ский/-цкий, которая в восточнославянской традиции чаще всего указывает на географическое происхождение: от названия местности, поместья или населённого пункта. Суффикс -ов- в середине — вставка, соединяющая корень с окончанием прилагательного, как в Головановский или Белобородовский. Значит, предок носителя фамилии либо владел землёй, либо жил в месте, которое называлось Голобутово, Голобутовка или похоже.

Сложнее с корнем. «Голобут» — нестандартное слово, его нет в современных словарях. Первое, что приходит на ум: разбивка на «голо-» (голый, бедный, лишённый) и «бут» (от «бутить» — засыпать камнем, мостить, или от диалектного «бут» — каменная наброска, фундамент). Прозвище Голобут мог получить человек, который работал с бутовым камнем, но делал это плохо, наспех — «голый бут», то есть небрежная кладка. Или, наоборот, человек, у которого не было ничего, кроме этого камня — бедный каменщик.

Есть и более бытовая версия. В украинских и южнорусских говорах «бут» иногда означало «глупый, упрямый человек» (ср. «бутуз» — толстяк, но и «бутень» — болван). Тогда Голобут — «совсем голый (бедный) глупец» или, с иронией, «голый, но упрямый». Такие прозвища по физическим или поведенческим чертам были обычны в среде крестьян и казаков.

Географически фамилия тяготеет к западу исторической России. По данным современных поисковых систем, Голобутовские встречаются в основном в Беларуси и на Украине (особенно в Житомирской и Киевской областях), реже — в южных областях России. Это подтверждает украинско-белорусский ареал: суффикс -ский там часто получали не только дворяне, но и крестьяне, переселившиеся из одного села в другое и получившие прозвище по прежнему месту жительства.

Однокоренные фамилии — Голобут, Голобуцкий, Голобутенко — встречаются в тех же краях и указывают на ту же основу, но с разными моделями образования. Если Голобутовский — это «человек из Голобутова», то Голобут — прямое прозвище, а Голобутенко — «сын Голобута». Все они, скорее всего, восходят к одному корню, но разошлись по разным ветвям рода.

Точной даты возникновения фамилии не установить, но по модели она могла оформиться не раньше XVI–XVII веков, когда фамилии на -ский стали массово фиксироваться у шляхты и казачества Речи Посполитой. В России такие фамилии часто адаптировали после присоединения украинских и белорусских земель. Сегодня Голобутовский — редкая фамилия, не имеющая громких исторических носителей, но её структура ясно говорит о конкретном географическом или прозвищном корне, а не о случайном стечении звуков.