Фамилия Голофтеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов, который просто добавляется к имени или прозвищу. Здесь мы видим суффикс -еев, что указывает на основу, оканчивающуюся на -ей или -ея. То есть исходное прозвище звучало как Голофтей или Голофтея.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «головать» — голодать, бедствовать, или с прилагательным «голый» в значении «бедный, неимущий». Вторая часть — «фтей» — искажённое или усечённое от «фетюк» (простофиля, разиня) либо от личного имени Фотей (Фотий). Таким образом, Голофтей — это сложное прозвище, которое можно расшифровать как «голодный Фотей» или «бедный простак». Прозвища такого типа — двухосновные, описывающие внешность или характер — были типичны для русских земель в XV–XVII веках.

В пользу этой версии говорит и география. Фамилия Голофтеев встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там слово «головать» было в ходу, а имена Фотий и его просторечная форма Фотей — не редкость. Менее правдоподобна версия о связи с тюркским корнем: в некоторых тюркских языках есть слово «гол» (рука) и «офт» (семь), но такое сложение для прозвища маловероятно и не подтверждается историческими записями.

С социальной точки зрения, носители фамилии Голофтеев относились к крестьянскому или посадскому сословию. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано. Это значит, что предок получил прозвище в крестьянской или ремесленной среде, и оно закрепилось за его потомками. В современных метрических книгах и переписях фамилия встречается редко, что делает её ценной для генеалогического поиска — по ней можно относительно точно определить регион выхода предков.