Фамилия Голофеев образована от прозвища, и её основа — прилагательное «голый». Но не спешите думать, что речь о бедности: в русских говорах «голый» означало не только «неимущий», но и «открытый, лишённый покрова», а в переносном смысле — «бесхитростный, прямой» или даже «дерзкий, отчаянный». Вторая часть, «феев», скорее всего, восходит к слову «фей» или «фёй» — диалектному варианту «фий» (сова, филин). В некоторых областях филина называли «голым феем» — возможно, из-за его лысой головы или характерного внешнего вида. Так прозвище Голофей мог получить человек с необычной внешностью, например, с редкими волосами или залысинами, либо тот, кто вёл ночной образ жизни или отличался нелюдимостью.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединился к основе Голофей, указывая на принадлежность — «сын Голофея». Это патронимическая форма, распространённая в центральных и южных регионах России. Встречаются варианты написания: Галафеев, Голофеев, Галафеев — они отражают акающее произношение и местные особенности говоров. В документах XVI–XVII веков фамилия фиксируется среди служилых людей и крестьян, например, в переписных книгах Курской и Орловской губерний. В отличие от более известных фамилий на -ов, -ев, здесь суффикс указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный, что делает её типичной для прозвищ с уменьшительно-ласкательным или ироничным оттенком.

Редкость фамилии в том, что её корень «фей» не имеет прямого отношения к сказочным существам — это народное название птицы, которое почти вышло из употребления. В словаре Даля «фей» отмечен как местное слово, а в современном языке его вытеснили «филин» и «сова». Таким образом, Голофеевы — потомки человека, которого в деревне прозвали Лысым Филином, и это прозвище закрепилось за родом.