Фамилия Голоунина образована от прозвища Голоуня. В её основе лежит прилагательное «голый» — слово с богатым спектром значений в древнерусском языке. Прозвище Голоуня могли дать человеку бедному, неимущему, не имеющему «ни кола ни двора», либо тому, кто ходил в ветхой, рваной одежде, буквально «голому». В некоторых говорах «голым» называли также бритого или лысого человека, так что не исключено, что прозвище указывало на отсутствие волос на голове или бороды.

Суффикс -ун- в основе Голоуня характерен для прозвищ, описывающих яркую внешнюю черту или особенность поведения. Подобные образования встречаются у славян повсеместно: ср. Крикун, Молчун, Говорун. Модель, по которой сложилась фамилия, — сначала прозвище Голоуня, затем отчество в притяжательной форме: «чей сын?» — Голоунин, то есть сын Голоуни. Женский вариант Голоунина — это форма, указывающая на принадлежность к роду Голоуниных, и в современном русском языке закрепилась как фамилия женщины.

Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Голоунина, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). В случае с Голоуниной мы имеем дело именно с прозвищной основой, что делает фамилию «говорящей»: она прямо указывала на характерный признак первого носителя. Интересно, что в старых русских документах встречаются однокоренные фамилии — Голый, Голень, Голышев — все они из того же смыслового гнезда, но Голоунина выделяется редким суффиксом, который почти не дал массовых фамилий. Эта редкость — дополнительная деталь, делающая фамилию ценной для историка: она сохранила архаичную словообразовательную модель, которая в других случаях уже стёрлась.