Фамилия Головнина ведет свое начало от прозвища Головня. Головнины - старинный русский дворянский род, быть может, происходящий от новгородского боярина Никиты Головни (1401). Один род Головниных ведет начало от Богдана Григорьевича (он же Матвей) Головнина, владевшего в 1590-х годах поместьями в Зарайском, Пронском и Ряжском уездах и имевшего сыновей: Никифора и Ивана Матвеевичей, испомещенных в 1628 - 29 годах по Рязанскому уезду. Потомство Бориса, Родиона и Марка Ивановича Головнина записано в VI часть родословной книги Московской губернии. Другой род Головниных происходит от Ивана Головнина, два сына которого, оба Ивана, служили при великом князе московском Василии Ивановиче в Великих Луках. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Головня, со временем получил фамилию Головнина.