Фамилия Головничий — редкий пример отчества-прозвища, образованного не от профессии, а от должности или, скорее, бытовой характеристики. В её основе — слово «головня́», которое в древнерусском языке означало не только тлеющее полено, но и, в переносном смысле, «головешка», «бедовый человек», «зачинщик» (от «голова» в значении «глава, предводитель»). Суффикс -ичий (в форме прилагательного) указывает на принадлежность: Головничий буквально — «сын Головни» или «человек из рода Головни». Это типичная модель для украинских и южнорусских фамилий (сравните: Писарчук, Бондарчук, но здесь — через притяжательное прилагательное на -ий).

Вероятнее всего, прозвище Головня получал человек горячий, вспыльчивый или, наоборот, тот, кто «разжигал» ссоры и смуту. Однако не исключён и более приземлённый вариант: в некоторых говорах «головнёй» называли человека с рыжими или чёрными, как головешка, волосами. Второй версии противоречит географическая привязка: фамилия Головничий встречается преимущественно на территории исторической Черниговщины и в смежных районах Беларуси, где слово «головня» в значении «смутьян» фиксируется словарями.

В отличие от распространённых Головнёвых или Головниных, форма на -ичий сохранила архаичную патронимическую конструкцию, почти исчезнувшую в современной русской фамильной системе. Она не перешла в стандартное «Головнёв», а застыла в виде прилагательного, отвечающего на вопрос «чей?». Это указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где отчества на -ич были нормой (шляхта, казацкая старшина), но затем закрепилась в простонародной среде без дворянского «-ский». Сословная принадлежность первых носителей, скорее всего, — крестьяне или однодворцы южных губерний, где такие формы бытовали вплоть до XIX века.

Ономастика обходит эту фамилию стороной: она не попала ни в словарь Унбегауна, ни в работы Никонова, что только подтверждает её локальный и непрофессиональный характер. Если искать однокоренные параллели, то ближе всего будут украинские Головниченко, Головняк и белорусские Галоўнічы — все они держатся вокруг одного корня, но расходятся в суффиксах, как ветви одного рода.