Фамилия Головнюк ведет свое начало от прозвища Головня. Так и прозвище Головня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Головнюк. При образовании славянских фамилий использовались различные форманты: суффиксы принадлежности (-ов/-ев, -ин, -ский/-цкий), уменьшительные суффиксы (-онок/-ёнок, -енко, -ко, -ец, -ек, -ик, -еня, -ук/-юк), суффиксы отчества (-ович/-евич, -ич) и др. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Головня, со временем получил фамилию Головнюк.