Фамилия Головненко ведет свое начало от прозвища Головня. Так и прозвище Головня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Головненко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Головня, со временем получил фамилию Головненко.