Фамилия Голованев (или Голованёв) ведет начало от прозвища, которое давали по характерной внешней черте или уму. В основе лежит слово «голова», а само прозвище бытовало в нескольких формах: Голован, Головач, Головань. Все они указывали на человека с крупной головой либо, в переносном смысле, на большого умницу. В вологодских говорах, например, закрепился вариант Головань со значением «большеголовый», и именно от него, скорее всего, и образована фамилия Голованев.

Модель образования проста: к основе Голован- добавился патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность потомку этого человека. То есть Голованевы — это буквально «дети Голованя». Фамилия относится к распространенному типу русских фамилий на -ов/-ев, но примечательна тем, что сохранила диалектную огласовку основы. В отличие от более частотной фамилии Голованов, образованной от той же основы, но с суффиксом -ов, вариант Голованев встречается реже и может указывать на северное или северо-восточное происхождение рода — как раз там, где слово «головань» было в ходу.

Точное время и место возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян и посадских людей растянулся на несколько столетий. Однако ясно, что прозвище не было случайным — оно либо подмечало внешность, либо давалось с уважением к уму, а значит, предок Голованевых был заметным человеком в своей среде.