Фамилия Головатов образована от прозвища Головатый, которое восходит к нарицательному «голова». Поэтому прозвище Головатый могло указывать на социальный статус предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Головатый, со временем получил фамилию Головатов.