Фамилия Голубницкий образована по типичной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -цк(ий). Этот суффикс указывает на происхождение от географического названия — села, местечка или усадьбы. В основе фамилии лежит топоним Голубница или Голубица. Такие названия на Руси и в Речи Посполитой не редкость: их связывали либо с обилием голубей (птиц), либо с цветом воды (голубой), либо с личным именем Голуба (уменьшительное от Голубь).

Наиболее вероятная версия — происхождение от названия населённого пункта Голубница. Такие деревни известны в Беларуси (например, в Витебской области) и на Украине (в Житомирской области). Первым носителем фамилии Голубницкий, скорее всего, был человек, который владел землёй в этом месте или переехал оттуда и получил прозвание по прежнему месту жительства. В дворянской среде такие фамилии на -ский закрепились в XVI–XVII веках, но могли возникать и у крестьян после отмены крепостного права, когда им давали фамилии по названию родной деревни.

Менее распространённая версия выводит основу от прозвища Голубник — так могли называть голубятника, человека, державшего голубей. В этом случае фамилия звучала бы как Голубников, а форма Голубницкий могла возникнуть под влиянием польского или белорусского языков, где суффикс -ник переходил в -ницк. Однако географическая версия убедительнее: суффикс -цк(ий) в чистом виде почти всегда привязан к топониму, а не к роду занятий.

В написании фамилии возможен вариант Голубицкий (с буквой «и» вместо «н»), но он встречается реже. Оба варианта однокоренные и могут путаться в документах. Фамилия не относится к числу массовых: в современных базах данных она фиксируется в основном в западных областях России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её западнорусское или малороссийское происхождение. Сословно Голубницкие могли быть как мещанами, так и мелкопоместными дворянами, но единого дворянского рода с такой фамилией нет — это скорее локальная фамилия, разошедшаяся из одного или нескольких сёл.