Фамилия Голухина — женская форма фамилии Голухин, и в ней скрыта история, уходящая корнями в прозвище, а не в птицу, как может показаться на первый взгляд. Основа «Голух-» звучит обманчиво похоже на «голубь», но здесь работает другой механизм: это типичный пример так называемых «усечённых» форм личных имён, распространённых в русских говорах. Скорее всего, в основе лежит имя Голуха — производное от канонического имени Галактион (в просторечии Галах, Голах) или, реже, от Голиаф. Уменьшительные суффиксы -ух(а), -юх(а) в русской антропонимии давали прозвища вроде Голуха, которые фиксировались в документах XV–XVII веков.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей сын?» — Голухин, то есть сын Голухи. Это стандартная патронимическая модель для фамилий, образованных от основ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу с твёрдой или мягкой основой, -ин чётко привязывает фамилию к конкретному прозвищу-имени. Голухин — не отчество от крестильного имени, а прямое указание на прозвище предка, которое могло закрепиться за родом.

Географически фамилия Голухин (и Голухина) тяготеет к центральным и северным регионам России, где формы на -уха были особенно распространены. Встречается в старых переписных книгах Вологодской, Костромской и Вятской губерний. Там же фиксируется и вариант Голухов, но именно суффикс -ин вытеснил конкурирующие формы, потому что основа на гласный естественнее принимала именно этот патронимический показатель.

Есть и более редкая, но возможная версия: прозвище Голуха могло относиться к человеку с громким, «голосистым» голосом — от диалектного глагола «голухать» (кричать, аукать). В таком случае фамилия отражает не имя, а личную характеристику предка — например, деревенского глашатая или просто человека с зычным голосом. Эта версия менее популярна в ономастике, но имеет право на существование, особенно для фамилий, записанных в северных говорах.

Сравните с однокоренными: Голухов, Голушкин, Голухинский. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксальной моделью. Голухина стоит в ряду фамилий, которые не получили дворянского «облагораживания» через суффикс -ский, а остались в крестьянской и мещанской среде — простые, прозрачные по форме, но неоднозначные по смыслу.