Фамилия Голынкина (мужская форма — Голынкин) образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени через суффикс притяжательности -ин. В этом случае основа — Голынка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Голынкин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Голынка.

Корень фамилии — «гол-», который в русских говорах имеет два основных значения. Первое и самое очевидное — «голый», «лысый», «бедный». Прозвище Голынка могли дать человеку с заметной лысиной, либо, что не менее вероятно, очень бедному крестьянину, «голытьбе». Ономаст Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» относит подобные прозвища к группе, описывающей внешность или имущественное положение.

Вторая, менее распространённая, но вполне реальная версия — топонимическая. В центральной России и Поволжье встречаются деревни с названием Голынки (например, в бывшей Смоленской губернии). В этом случае прозвище Голынка мог получить выходец из такой деревни, а фамилия указывала бы на место его происхождения. Такая модель (название села + -ин) типична для крестьянских фамилий, которые закрепились в XIX веке после отмены крепостного права, когда людям массово давали фамилии по месту жительства.

С точки зрения социального происхождения, фамилия Голынкина, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянские роды с таким окончанием (-ин) обычно имеют в основе другое имя (например, от древнерусского имени Голынка как уменьшительной формы от Голова, но это редкий случай). В словарях русских фамилий (например, у В. Никонова) фамилия Голынкин не относится к числу распространённых аристократических, что подтверждает её «земледельческое» происхождение.

Примечательная деталь: в фамилии сохранился древний суффикс -ын- (фонетический вариант -ин- после твёрдых согласных), который в русском языке постепенно вытеснялся более продуктивным -ов-. Это делает фамилию архаичной по форме, что может указывать на её раннее закрепление в северных или центральных говорах, где -ин дольше сохранял продуктивность. Таким образом, Голынкины — это, вероятно, потомки либо бедного, либо лысого человека, либо переселенца из деревни Голынки, и фамилия эта — живое свидетельство бытового уклада русской деревни.