Фамилия Голышенков в своей основе имеет прозвище Голышка. Само слово «голыш» (или «голышка») напрямую связано с понятиями «голь», «голытьба» — то есть бедность, нищета, отсутствие имущества. В старину так могли назвать человека, потерявшего состояние, например разорившегося дворянина, или просто крестьянина, у которого за душой не было ни гроша.

Однако у прозвища могла быть и противоположная, охранительная функция. В древнерусской традиции родители нередко давали детям «плохие» имена, чтобы обмануть злых духов: назовут мальчика Голышкой, чтобы тот вырос богатым и здоровым. Со временем прозвище закрепилось как основное семейное именование и легло в основу фамилии.

Сама фамилия Голышенков — типичный пример русификации украинской или белорусской модели. Первоначально род мог носить фамилию Голышенко (с характерным для этих земель суффиксом -енко, означающим «сын» или «потомок»), но после переезда в великорусские губернии к ней добавили суффикс -ов, адаптировав под местные нормы. Таким образом, буквальное значение фамилии — «потомок Голышки».