Фамилия Голышев образована от прозвища Голыш, которое восходит к нарицательному «голь, голынь» — «бедность, нищета». В древнерусском языке эти слова описывали не только отсутствие имущества, но и социальное положение человека, оставшегося без средств к существованию. От того же корня пошли и другие прозвища, например Гольтяпа — «неимущий, бедняк», или Голяшка, которое давали очень бедной женщине. Так что прозвище Голыш мог получить человек, живший в крайней нужде.

Словообразовательная модель здесь простая: основа «гол-» (от «голый» в переносном значении «бедный, нищий») плюс суффикс «-ыш», образующий прозвища по характерному признаку. А фамильный суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Голышев — это «сын Голыша» или «потомок Голыша».

Известный ономаст Степан Веселовский в своём труде записал два ранних упоминания. Первое — Данило Голыш, холоп, 1603 год, Новгород. Второе — Никуда Голышев, крестьянин, 1638 год, Галич. Обратите внимание, что уже в первой половине XVII века фамилия фиксируется в документах в её современной форме. Галич (ныне Костромская область) и Новгород — это территории, где фамилия могла зародиться и откуда впоследствии распространилась.

Среди однокоренных фамилий — Голышев, Голяшкин, Гольтяпин. Но у Голышевых есть своя особенность: суффикс «-ыш» в основе прозвища придаёт ему оттенок скорее констатации факта, чем насмешки. В крестьянской среде прозвище Голыш могло быть не обидным, а бытовым — так называли человека, у которого «ни кола, ни двора». Потомок такого человека со временем и получил фамилию Голышев.