Фамилия Голышевы образована от прозвища Голыш, которое этимологически связано с корнем «гол-» в значении «голый». Однако здесь есть тонкость, о которой стоит сказать сразу: в русских фамилиях на -ыш(-ев) прозвища часто описывали внешность или социальное положение. Голышем могли прозвать либо необеспеченного человека (родственные слова — «голь», «голытьба», «голынь»), либо, по другой версии, того, кто ходил в рваной одежде, «голяком».

Но в народной традиции существовал и обратный ход: называя ребёнка Голышем, родители надеялись, что он станет богатым, обойдёт стороной нищету. Такая «охранительная» магия имён — известный приём: чем хуже прозвище, тем счастливее судьба. Иначе говоря, Голыш — не обязательно бедняк, а, возможно, человек, которого так нарекли с пожеланием достатка.

Суффикс -ыш в основе — уменьшительно-пренебрежительный, характерный для прозвищ (ср. Малыш, Крепыш, Глупыш). А фамильный суффикс -ев (после шипящего и мягкого согласного вместо -ов) указывает на принадлежность: «сын Голыша». Таким образом, Голышевы — это потомки человека по прозвищу Голыш.

Географически фамилия чаще встречается в центральных и северных регионах России, особенно в бывших владениях Строгановых на Урале и в Вятской губернии. Там же известен род купцов и промышленников Голышевых, что любопытно: прозвище с «нищим» корнем носили люди весьма состоятельные. Это ещё раз подтверждает версию об охранительном, а не буквальном значении прозвища. В ономастике такой контраст между прозвищем и реальным положением дел — не редкость (ср. фамилии Богачёвы или Бедняковы).