Фамилия Голышева напрямую связана с прозвищем Голыш, которое, в свою очередь, восходит к древнерусским словам «голь», «голынь» — бедность и нищета. В старину такие прозвища давали неимущим людям, и они породили целый ряд фамилий: Гольтяпа, Голяшка, Голышев. Однако, в отличие от многих других «бедняцких» прозвищ, у Голыша есть и вторая, менее очевидная версия происхождения.

В северных и центральных говорах «голышом» нередко называли не только бедняка, но и бойкого, ловкого человека — «голого», то есть не обремененного лишним имуществом или заботами. С. Б. Веселовский в своих ономастических исследованиях приводит примеры: Данило Голыш, холоп (1603 год, Новгород), и крестьянин Никуда Голышев (1638 год, Галич). Оба случая показывают, что прозвище бытовало в разных социальных слоях — и среди зависимых людей, и среди свободных крестьян.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе «Голыш» добавили суффикс принадлежности -ев (вариант -ов после шипящих). Таким образом, Голышев — это буквально «сын Голыша». Со временем форма закрепилась, и сегодня фамилия Голышева — это женский вариант от мужской основы, указывающий на потомка человека с соответствующим прозвищем.

Интересно, что фамилия встречается не повсеместно, а с заметной концентрацией в бывших новгородских и костромских землях — именно там, где в XVI–XVII веках фиксировались первые носители прозвища. Это позволяет предположить, что корни рода Голышевых уходят именно в этот регион, а не рассеяны по всей России равномерно.