Фамилия Голышкин — типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища с помощью патронимического суффикса -ин. Основа здесь — прозвище Голышка, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Голышки». Такая модель широко распространена в северных и центральных регионах России, где фамилии на -ин так же частотны, как на -ов.

Прозвище Голышка восходит к древнерусскому слову «голь» (или «голынь») — «бедность, нищета». Первое, что приходит на ум: так могли прозвать небогатого человека, крестьянина без земли или разорившегося дворянина, потерявшего состояние. Однако у этого прозвища есть и менее очевидная сторона — охранительная. В дохристианской и раннехристианской традиции родители намеренно давали ребёнку «плохое» имя (Голышка, Некрас, Дурак), чтобы отвести от него злые силы. Считалось: назовёшь сына Голышкой — значит, бедность и несчастья обойдут его стороной, а жизнь сложится богато и сытно. Так прозвище, закрепившись за человеком, становилось его основным именованием, а затем перешло в фамилию.

Интересно, что фамилия Голышкин стоит в одном ряду с однокоренными Голиков, Голышев, Голяшкин. Все они связаны с корнем «гол-», но различаются суффиксами, которые указывают на разные диалектные варианты прозвища. Например, Голиков образовано от «голик» — так в некоторых говорах называли бедняка или голого человека, а Голышкин — от уменьшительной формы «Голышка». Это говорит о том, что фамилия бытовала в среде, где были распространены именно ласкательные или уменьшительные формы прозвищ.

Встречается фамилия Голышкин преимущественно в центральных областях России, а также в Поволжье. В дореволюционных переписях носители этой фамилии числились чаще всего крестьянами и мещанами, что косвенно подтверждает версию о прозвище по бедности: фамилия закрепилась за теми, кто действительно жил «в голи».