Фамилия Гомосек — одна из тех, где внешняя форма обманчива. На первый взгляд она кажется связанной с современным медицинским или разговорным термином, но на деле её корни уходят в диалектную лексику и, скорее всего, в прозвища, основанные на поведении или внешности.

Разберём словообразовательную модель. Фамилия образована с помощью суффикса -ек, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин. Он характерен для украинской и южнорусской традиции, где фамилии на -ек, -ко, -енко широко распространены. Основа — «гомос» или «гомоза». В русских говорах слово «гомоза» означало непоседу, егозу, человека, который постоянно суетится, вертится, не может усидеть на месте. Отсюда же глагол «гомозиться» — возиться, копошиться, проявлять беспокойство. Таким образом, Гомосек — это уменьшительно-ласкательное или пренебрежительное прозвище для активного, беспокойного ребёнка или взрослого.

Версия о связи с сексуальной ориентацией — анахронизм. Термин «гомосексуализм» вошёл в русский язык только в конце XIX — начале XX века и был сугубо книжным, медицинским. Крестьяне, которые и давали фамилии в массе своей, таким словом не пользовались. Поэтому подавляющее большинство носителей фамилии Гомосек получили её задолго до появления этого значения, от диалектного «гомоза».

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам Российской империи: современные Украина, Белоруссия, южные области России (Курская, Воронежская, Ростовская). Там форма на -ек была особенно продуктивна. Встречаются и варианты написания: Гомозек, Гомозько, что подтверждает связь с «гомозой».

В дореволюционных документах фамилия фиксировалась редко, что говорит о её недворянском, крестьянском происхождении. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крепостными или государственными крестьянами, а прозвище Гомосек закрепилось за родоначальником из-за его живого, непоседливого нрава.