Фамилия Гонаков — одна из тех, где при внешней простоте корня есть простор для спора. Скорее всего, в её основе лежит прозвище Гонак, а оно, в свою очередь, восходит к диалектному глаголу «гонать» — гнать, погонять, торопить. В русских говорах «гонак» — это и тот, кто гоняет лошадей, возчик, и вообще расторопный, быстрый в работе человек, а в некоторых местах — даже настойчивый попрошайка. Таким образом, фамилия могла закрепиться за крестьянином-извозчиком или просто за деятельным и энергичным мужиком.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Гонак — сын Гонака. Фамилия образована по схеме «прозвище + -ов», и это значит, что первый носитель получил её от отца или деда, которого в деревне знали под этим именем-прозвищем.

Есть и вторая версия, менее очевидная, но лингвистически допустимая. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, слово «гон» или «гун» означает день, а «ак» — белый. Теоретически Гонак можно разобрать как «белый день», но это скорее искусственное сближение: для татарской фамилии типичнее суффикс -ов, но основа была бы записана иначе (например, Гунаков). Версия с русским диалектным корнем выглядит гораздо естественнее и проще.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были сильны говоры с «аканьем» и словом «гонак» — это центральные и южные области России, Поволжье. В дореволюционных переписях она встречается нечасто, что говорит о её локальном, «гнездовом» происхождении: скорее всего, предки жили компактно в одном-двух уездах.

С точки зрения социального статуса, Гонаковы — почти наверняка крестьянский род. Фамилии на -ов от прозвищ, обозначавших занятие или черту характера, в массе своей принадлежали бывшим крепостным крестьянам, которые получили фамилии после отмены крепостного права в 1861 году. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или в «Общем гербовнике» нет.

Редкость фамилии — её же и преимущество: если вы Гонаков, то, вероятно, все носители этой фамилии в России — ваши дальние родственники по мужской линии, а корни уходят в одну конкретную деревню, где жил тот самый гонкий и работящий Гонак.