Фамилия Ганаков образована от прозвища Ганак, в основе которого лежит аналогичное нарицательное «ганак». В переводе с белорусского языка «ганак» – это «крыльцо». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Ганаковых был зодчим. По другой версии, данная фамилия ведет свое начало от названия этнографической группы чехов в Моравии, сложившейся в Средние века и сохраняющая некоторые диалектические и этнологические особенности. Само название они получили от реки Гана, в долине которой они живут. В таком случае можно предположить, что основатель рода Ганаковых относился к этой народности. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ганак, со временем получил фамилию Ганаков.