Фамилия Ганаков — одна из тех, где за короткой формой скрываются две совершенно разные истории происхождения. Первая версия отсылает нас к белорусскому языку: слово «ганак» означает «крыльцо». В этом случае прозвище Ганак мог получить зодчий или плотник, который строил крыльца, либо человек, живший в доме с приметным крыльцом. Такая модель образования (прозвище по профессиональной или бытовой детали) типична для восточнославянских фамилий, но встречается реже, чем прозвища от личных имён или внешности. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Ганака» или «из дома Ганака».

Вторая, не менее любопытная версия, связывает фамилию с этнонимом. В Моравии, в долине реки Гана, живёт этнографическая группа чехов — ганаки. Их диалект и быт сложились ещё в Средние века, и название они получили по реке. Если предок Ганаковых относился к этой народности, то фамилия могла закрепиться за ним или его потомками, переехавшими на восток, в земли Речи Посполитой или Российской империи. Такие «этнические» фамилии не редкость: поляк, литвин, чех — все они становились прозвищами, а затем фамилиями.

Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — от слова «ганак» (крыльцо) — выглядит более прямой и простой: для её возникновения не нужно переселения целой группы людей. Вторая же возможна, если фамилия встречается в западных регионах России или на Украине, где был контакт с чешскими переселенцами. География бытования фамилии могла бы прояснить, какая из версий верна, но пока точных данных нет. Ясно одно: основа фамилии — не личное имя, а нарицательное или этническое прозвище, что делает её редкой по словообразовательной модели.