Фамилия Ганакова — один из тех случаев, когда за простым звучанием может скрываться сразу две совершенно разные истории происхождения, и обе имеют право на существование.

Первая и самая прозрачная версия отсылает нас к белорусскому языку. Слово «ганак» в нём означает «крыльцо». Прозвище Ганак могли дать человеку, который строил крыльца — то есть зодчему или плотнику, специализировавшемуся на деревянных пристройках и входных группах. В таком случае фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -ок (Ганак) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов, который в женском роде даёт окончание -а. Иными словами, Ганакова — это «жена или дочь Ганака».

Вторая версия уводит в другую сторону — в Моравию, историческую область Чехии. Там существует этнографическая группа чехов, которую называют ганаки (или ганацкое племя). Сложилась она ещё в Средние века и сохранила собственные диалектные и культурные черты. Самоназвание этой группы происходит от реки Гана, в долине которой они живут. Если основатель рода Ганаковых относился к этому народу или имел с ним устойчивую связь, прозвище Ганак могло указывать на его происхождение — «человек из земли ганаков». Такие «этнические» прозвища в России давали нередко, особенно выходцам из западных земель.

Какая из версий правдоподобнее? Первая — бытовая и языковая — опирается на живую лексику восточнославянских говоров и естественную модель образования фамилий. Вторая требует миграции носителя прозвища из Моравии на восток, что менее вероятно для массового прозвища, но не исключено для единичного случая.

Важная деталь: фамилия Ганакова — женская форма. Мужской вариант — Ганаков. Оба они нечастые, и в современных справочниках не фиксируется массового скопления носителей в каком-то одном регионе. Это говорит о том, что фамилия либо возникла в одном роду и не получила широкого распространения, либо её исходная форма со временем изменилась до неузнаваемости.