Фамилия Ганакин — редкий пример того, как прозвище, связанное с конным делом, превратилось в фамилию через уменьшительно-ласкательную форму. В основе лежит слово «ганак» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли жеребца или коня вообще. Слово это, скорее всего, заимствованное из тюркских языков (сравните с татарским «айгыр» — жеребец), но в русской среде оно обросло бытовыми оттенками: «ганаком» могли прозвать горячего, норовистого человека, либо того, кто работал с лошадьми — конюха, извозчика.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Ганакин буквально означает «сын Ганаки» или «человек из семьи Ганаки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Интересно, что в отличие от фамилий на -ов (Ганаков), которые встречаются чаще, форма Ганакин привязана к личному имени-прозвищу, а не к отчеству отца. Это говорит о том, что прозвище Ганака было достаточно устойчивым и передавалось как родовое.

Встречается фамилия преимущественно в Центральной России и Поволжье — регионах, где активно развивалось коневодство и где тюркские заимствования были особенно распространены. Встречаются варианты написания с одной «н» (Ганакин) и двойной (Ганнакин), но более частый вариант — с одной, что подтверждает связь с «ганаком», а не с украинским именем Ганна (Анна).

Есть и другая, менее вероятная версия: происхождение от греческого имени Ганакис (Γανάκης) через греческих переселенцев. Но она не находит серьёзной поддержки у ономастов, так как фамилия слишком плотно «сидит» в русской крестьянской среде XIX века, где греческие фамилии были редкостью. Поэтому основная гипотеза — прозвищная, от слова «ганак» в значении «конь» или «лошадник».