Фамилия Ганакаев образована от имени Ганакай, которое, как и большинство восточных имен, состоит из двух частей: Ганак и Ай. Первая из них восходит к арабскому слову hanak. На русский язык это слово переводится как «небо». В тюркских языках небо было символом добродетели, а также отождествлялось с бесконечностью и Богом. Второй компонент в древнетюркском языке означает «месяц». Кроме того, слово «ай» имеет переносные значения «красивый, ценный; святой; чистый, светлый, лучистый; умный; дорогой; обильный; счастливый; полный». По древнему обычаю, ребенку, родившемуся во время сияния луны или полнолуния, давалось имя, в состав которого входило это слово. Вполне вероятно, что родители, нарекая своего ребенка таким именем, желали ему долголетия, благополучия и божественного благословения. Таким образом, потомок человека, которого звали Ганакай, со временем получил фамилию Ганакаев.