Фамилия Гонакова — женская форма фамилии Гонаков, которая образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени через суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Гонаков буквально значит «сын (или потомок) Гонака». Основа Гонак — это либо прозвище, либо уменьшительная форма нецерковного имени.

Корень гон- в русских говорах многозначен. Самое прямое значение — «гнать», «погонять». Прозвище Гонак могли дать человеку, который работал гонщиком: погонял лошадей, возил грузы, сопровождал скот или управлял гоном (например, на лесосплаве). В северных и сибирских диалектах «гонак» — это ещё и бродяга, беглец, тот, кого «гоняют» или кто сам постоянно в пути. В южнорусских областях «гонаком» могли назвать резвого, непоседливого человека.

Возможна и менее очевидная версия: основа восходит к тюркскому слову «гон» (кожа, шкура) или «гонак» (гость, пришелец). В таком случае фамилия могла возникнуть в зонах активного русско-тюркского контакта — в Поволжье, на Урале или в казачьих областях. Прозвище Гонак могли дать кожевнику или, наоборот, пришлому человеку, чужаку. Эта версия менее вероятна для центральной России, но вполне реальна для южных и восточных регионов.

Фамилия Гонакова встречается редко. По данным открытых источников, основная масса носителей сосредоточена в Ростовской области, Краснодарском крае и на Украине. Такая география подтверждает связь с южнорусскими говорами и казачьей средой, где слово «гонак» бытовало в значении «погонщик» или «бродяга». Встречаются и единичные случаи в Сибири, что может указывать на переселенческие потоки XIX века.

Однокоренные фамилии — Гончаров (от «гончар», гончарное ремесло), Гонцов, Гонщиков. Но Гонаков стоит особняком: у него нет суффикса профессии (-арь, -щик), а есть прозвищная основа на -ак, характерная для северных и донских говоров. Это делает фамилию более диалектной и локальной, чем, скажем, Гончаров.

В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется — возможно, она долго бытовала как уличное прозвище и официально закрепилась только в советское время, при паспортизации. Сословная принадлежность предков неясна, но прозвище указывает скорее на крестьянскую или казачью среду, чем на дворянскую.