Фамилия Гондуркаев — редкая, и её разбор сразу упирается в неожиданную трудность: корень «гондур» не похож ни на одно из привычных тюркских или славянских прозвищ. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от географического названия или от искажённого личного имени.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), типичную для русских фамилий тюркского или кавказского происхождения. Основа «Гондурка» могла быть прозвищем или именем, которое в свою очередь восходит к топониму. В Поволжье и на Северном Кавказе встречаются названия населённых пунктов, где «гондур» или «гундур» — это, возможно, вариант тюркского «гюн» (день, солнце) или «гюндюз» (днём), но с местным диалектным звучанием. Другая версия — связь с гидронимом: река Гондур в бассейне Терека или Гондурай в Дагестане. Человек, переселившийся с такой реки, мог получить прозвище Гондурка, а его потомки — фамилию Гондуркаевы.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит личное имя Гондур, которое могло быть формой арабского «Кундуз» (бобёр, в переносном смысле — трудолюбивый) или осетинского «Гондур» (от «гонд» — стадо, и «ур» — светлый, то есть «светлый пастух»). Однако без письменных фиксаций это лишь догадки.

География фамилии тоже подсказывает направление поиска. Гондуркаевы встречаются в основном среди кумыков, ногайцев и астраханских татар, а также в среде терских казаков, где фамилия могла возникнуть в результате смешения с горскими народами. Если предки были казаками, прозвище могло закрепиться за человеком, жившим на реке Гондур или носившим характерную одежду, напоминавшую «гондур» (вид бурки или плаща в некоторых диалектах).

Таким образом, наиболее правдоподобная версия — топонимическая: фамилия происходит от названия реки или урочища на Кавказе, а суффикс -ев оформил её по русской модели. Это объясняет и редкость, и региональную привязку.