Фамилия Гонимар — один из тех редких случаев, когда основа не славянская, а, скорее всего, западноевропейская, пришедшая в русский язык через письменность или устную традицию. Если отбросить суффикс, фамилия распадается на две части: «гони» и «мар». Первая часть, «гони», может быть искажением французского «goni» (от «goner» — тонуть, гибнуть) или немецкого «Goni», но убедительнее выглядит версия с корнем «гон» — от глагола «гнать». Однако «мар» — явный германский или романский элемент, означающий «слава» или «известный» (сравните с немецким «mar», французским «mare»). Таким образом, Гонимар могло быть прозвищем, означающим «гнать славу» или «преследовать известность» — то есть человек, который стремится к признанию, либо, в более прозаическом смысле, тот, кто гонит (например, скот или товары) ради славы.

Другая, более экзотическая версия связывает фамилию с французским именем Гонмар (Gonmar), которое состоит из «gon» (битва) и «mar» (слава) — «боевая слава». В этом случае Гонимар — это русифицированная форма французского или нормандского имени, которое могло попасть в Россию через дворянские роды, восходящие к выходцам из Западной Европы. Такие фамилии нередко встречались среди обрусевших иностранцев, особенно в XVIII–XIX веках, когда в Россию приглашали специалистов, военных и аристократов.

Суффикс в фамилии нулевой — окончание «-а» указывает на мужской род, но сама фамилия не имеет типичных русских суффиксов принадлежности (-ов, -ин). Это говорит о том, что она не образовывалась от отчества или прозвища по модели «чей сын», а была заимствована целиком, как есть. В русском языке такие фамилии часто оставались неизменяемыми для женщин (Гонимар), а для мужчин склонялись по падежам.

Географически фамилия крайне редкая. В современных базах данных она встречается единично, преимущественно на западе России и в бывших республиках СССР, что подтверждает версию о её западном происхождении. Возможно, предки носителя фамилии были из числа тех, кто приехал в Российскую империю по приглашению Петра I или Екатерины II — например, военные инженеры, врачи или ремесленники, чьи фамилии адаптировались под русское произношение.

Если опираться на словообразовательную модель, то Гонимар — это фамилия-прозвище, где основа «гони-» могла быть повелительным наклонением от глагола «гнать» (как в фамилиях Гонин, Гончар), а вторая часть «-мар» — редкий, но не уникальный компонент для русской ономастики (сравните с фамилией Марков, где корень «мар» означает «смерть» в славянской традиции). Однако в данном случае «мар» явно иноязычный, что делает фамилию уникальным гибридом.