Фамилия Гонышко — яркий пример того, как суффикс может рассказать о происхождении больше, чем корень. В ней отчетливо слышен украинский или белорусский след: суффикс -ышк-/-ишк- (в данном случае в форме -ышк-о) характерен для восточнославянских фамилий, особенно для западноукраинских и южнобелорусских говоров. Он придает слову уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок, но в фамилиях чаще закрепляется как постоянный признак прозвища.

Основа фамилии — корень «гон-», который можно связать с глаголом «гнать». В старину «гоныш» или «гоня» — это прозвище для человека, который гоняет скотину, работает погонщиком, или, в более широком смысле, для кого-то торопливого, суетливого, «гоняющего» без дела. Вторая версия отсылает к слову «гон» — единице измерения поля в старом земледелии (полоса земли, которую пахарь проходил в одну сторону). Тогда «гонышко» — это «маленький гон», прозвище крестьянина с небольшим наделом, или же ироничное именование того, кто пашет короткими полосами.

С точки зрения модели, фамилия Гонышко — типичное отпрозвищное образование, где суффикс -ышк-о выполняет ту же роль, что и -енк-о у украинцев: указывает на происхождение от конкретного человека (буквально «маленький Гоныш» или «сын Гоныша»). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые были популярны в великорусских землях, такие формы чаще встречались среди казачества и крестьянства Правобережной Украины. Географически фамилия Гонышко сегодня нередка в Черкасской, Полтавской и Киевской областях, а также на юго-востоке Беларуси.

Споров вокруг корня почти нет: версия с «гнать» — самая прямая и подтверждается множеством однокоренных фамилий (Гончар, Гончаренко, Гончарук). Но в отличие от них, Гонышко не указывает на профессию мастера, а скорее на бытовую характеристику или род занятий, связанный с движением. Социальный контекст — это, скорее всего, крестьянская или казацкая среда, где прозвища давались по самой заметной черте или занятию.