Фамилия Гонышев — одна из тех, где исходное прозвище угадывается почти сразу, но не даёт однозначного ответа. Корень «гон-» отсылает к глаголу «гнать», и носитель такой фамилии мог быть либо гонщиком (возчиком, ямщиком), либо человеком, который кого-то гнал, преследовал. Но есть и более прозаичная версия: в некоторых русских говорах «гоныш» означало «догонщик» — работник, который подгонял лошадей или скот. Прозвище Гоныш могли дать торопливому, беспокойному человеку или тому, кто работал на обозе.

Словообразовательная модель типична для русского Северо-Востока: суффикс -ев- указывает на притяжательное значение («чей?» — Гонышев, то есть сын или потомок Гоныша). В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются на юге и западе, фамилии на -ев в этой части России были распространены шире, но точной региональной привязки у Гонышевых нет — они встречаются и в Вятке, и на Урале, и в центральных областях.

В ономастике иногда пытаются связать эту фамилию с тюркским корнем «гюн» (солнце) или с древнерусским именем Гоня (сокращение от Гончар), но эти версии слабые. Никаких документальных подтверждений, что прозвище Гоныш было заимствованным, нет. Правдоподобнее всего — чисто русская, «профессиональная» основа, от слова «гон» в значении «ямская гоньба» или «погоня».

Интересная деталь: в фамилии сохранился твёрдый согласный в корне, хотя в современном языке чаще говорят «гнать», а не «гонить». Это указывает на древнюю форму прозвища, когда глагол мог звучать как «гонить» (сравните с диалектным «гониться» — торопиться). Так что Гонышев — это не «тот, кто гонит», а скорее «тот, кто постоянно в движении, в гонке».