Фамилия Гопоненко — типичный пример украинской модели образования фамилий, где суффикс -енко указывает на прямое родство: в буквальном смысле «сын Гапона» или «потомок Гапона». Исходное личное имя Гапон — это народная, упрощённая форма канонического имени Агафон. Само имя Агафон пришло из греческого языка, где агатос означает «добрый», «благо», то есть имеет возвышенное значение. Однако в русской и украинской среде это имя никогда не было аристократическим. Александр Пушкин в примечаниях к «Евгению Онегину» специально отметил, что «сладкозвучнейшие греческие имена, каковы, например, Агафон, Филат, Федор, Фекла и прочие, употребляются у нас только между простолюдинами». В некоторых северных говорах Агафонами даже называли простых, бесхитростных людей, закрепляя за именем бытовой оттенок.

В фамилии Гопоненко обращает на себя внимание замена начального а на о (Гапон → Гопон). Это не ошибка, а прямое влияние «окающих» говоров, где звук [а] в безударной позиции произносится как [о] — черта, характерная для части украинских и южнорусских диалектов. Таким образом, написание фамилии зафиксировало живое произношение.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Гопон- плюс патронимический суффикс -енко. Эта модель была особенно распространена в центральных и левобережных землях Украины (Полтавщина, Черниговщина, Киевщина) в XVI–XVII веках, когда фамилии на -енко активно вытесняли более ранние прозвища и отчества. Поэтому географически Гопоненко — фамилия, скорее всего, родом из этих регионов. В отличие от схожих фамилий на -ов (Гопонов), которые чаще встречаются в России, окончание -енко однозначно указывает на украинские корни рода.