Фамилия Гопоненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Гапон. Украинским вариантом мужского имени Агафон является имя Гапон. Имя это всегда считалось простонародным, хотя исконное, греческое значение его возвышенное - «добро, благо». Несмотря на это, в некоторых северных говорах Агафонами называли простых, бесхитростных людей. Пушкин, интересовавшийся русскими именами, в примечании к «Евгению Онегину» заметил: «Сладкозвучнейшие греческие имена, каковы, например, Агафон, Филат, Федор, Фекла и прочие, употребляются у нас только между простолюдинами». Тем не менее, гипотеза о происхождении фамилии Гопоненко от имени представляется более правдоподобной. Подмена гласного «а» на «о» в написании фамилии связана с влиянием «окающих» говоров. Поэтому Гопоненко буквально понималось как «сын Гапона».