Фамилия Гопонинко — редкий случай, когда в центре внимания оказывается не корень, а суффикс. Она явно украинского происхождения, на что указывает модель на -енко. Это типичный «патроним»: суффикс -енко в XVI–XVIII веках в украинских землях означал «сын» или «потомок» — то есть Гопонинко буквально «сын (или потомок) Гопона». Но вот с этим самым Гопоном всё не так просто.

В основе фамилии лежит имя или прозвище Гопон. Это не каноническое крестильное имя, а скорее народная, бытовая форма. Самая вероятная версия: Гопон — это украинский вариант имени Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший). В украинской народной речи «Агафон» мог сократиться до «Гапон», а затем, под влиянием местных говоров, перейти в «Гопон». Подтверждение этой гипотезы — существование фамилии Гапоненко (от «Гапон»), которая встречается гораздо чаще. Гопонинко — её более редкий фонетический вариант, где гласная «а» перешла в «о» (явление, известное в некоторых украинских диалектах как «оканье»).

Другая, менее вероятная версия связывает основу с украинским глаголом «гопати» — прыгать, скакать. В этом случае Гопон могло быть прозвищем подвижного, непоседливого человека. Однако суффикс -он в прозвищах такого типа встречается редко, и связь с личным именем Агафон выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда украинские крестьяне переселялись в XVIII–XIX веках. В метрических книгах она могла записываться по-разному: Гопоненко, Гопоненков, а иногда и просто Гапоненко, если писарь заменял «о» на привычное «а». Таким образом, предки носителя фамилии были, скорее всего, украинскими казаками или крестьянами, а сама фамилия — не ремесленная или географическая, а чисто родовая, указывающая на имя основателя рода.