Фамилия Гопаненко звучит как типичное украинское образование на -енко. Такая модель в XVII–XVIII веках стала самой распространённой в Поднепровье и на Левобережье: суффикс -енко означал «маленький», «сын» или «ученик». То есть Гопаненко — это «сын Гопана». Кто такой Гопан?

Основа фамилии — прозвище Гопан. Скорее всего, оно связано с глаголом «гопать»: в южнорусских и украинских говорах так говорили про прыжок, скачок, а в народной среде — про пляску с притопами, отсюда и «гопак». Гопаном могли назвать плясуна, вертлявого человека или того, кто ходит вприпрыжку. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «гоп» — звук падения или удара: такое прозвище мог получить неловкий, падающий человек.

Встречается и другая версия: Гопан — вариант имени Агафон (в просторечии Гапон, Гопон). Если так, то фамилия — один из многочисленных отчественных вариантов от канонического имени, только через народную переделку. Но против этой версии говорит то, что фамилия Гапоненко встречается гораздо чаще, а Гопаненко — редкий, локальный вариант. Скорее всего, перед нами именно прозвищная фамилия, а не производная от имени.

Географически фамилия тяготеет к Полтавской, Сумской и Черниговской областям — традиционному ядру фамилий на -енко. В России она встречается спорадически, чаще всего в областях, куда шла миграция с Украины: Воронежская, Ростовская, Краснодарский край.

Сословной привязки у фамилии нет: на -енко в массе своей получали фамилии казаки, мещане и крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией в официальных родословных книгах не зафиксировано. Так что предки Гопаненко — скорее всего, вольные или реестровые казаки, а позже — государственные крестьяне.