Фамилия Гордеенко — типичный пример украинской и белорусской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс в XVI–XVII веках закрепился в восточнославянских землях как указатель на потомка или принадлежность: «чей?» — Гордеенко, то есть сын или потомок Гордея.

Главный вопрос — откуда взялось имя Гордей. Здесь сходятся две версии, и первая куда убедительнее. Имя Гордей (церковная форма — Гордий) восходит к греческому «Гордиас», что значит «царь» или «властитель». В истории христианства известен святой мученик Гордий — римский воин, который в III веке открыто объявил себя христианином во время гонений и был казнён после пыток. Память его приходится на 16 января. Именно от этого крестильного имени и пошли фамилии Гордеев, Гордиенко, Гордеенко.

Вторая версия выводит фамилию напрямую от прозвища Гордый — так могли назвать человека с соответствующим нравом. Слово «гордый» в древнерусском языке имело более широкий спектр значений: от «высокомерный» до «достойный, величавый». Однако модель на -енко, как правило, прикреплялась к полным именам, а не к прилагательным-прозвищам. Поэтому версия с именем Гордей выглядит предпочтительнее.

В архивных записях фамилия встречается с XIX века. Например, в метрических книгах Белоруссии упоминается Гордеенко Ксения Титовна, родившаяся в 1895 году в деревне Кургановка Красногорского района Брянской области. Эта запись показывает, что фамилия была распространена на стыке современных России, Беларуси и Украины — в зоне, где суффикс -енко был особенно активен.

Среди известных носителей выделяется Яков Николаевич Гордеенко (1851–1922), профессор Петербургского института инженеров путей сообщения. Он спроектировал первую в России систему централизации стрелочных переводов, которую внедрили на станции Саблино Николаевской железной дороги в 1885 году. Для своего времени это был прорыв в безопасности движения поездов.

Фамилия Гордеенко не имеет отношения к дворянским родам — она бытовала в крестьянской и мещанской среде. Её носители не владели гербами и поместьями, но зато оставили след в науке и технике, что для рядовой фамилии весомее любой родословной.