Фамилия Горденко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской и южнорусской традиции означает «сын» или «потомок». Основа фамилии — просторечное имя Горд (или Гордя), которое является сокращённой формой канонического имени Гордий. Это имя пришло из греческого языка, где Gordias означает «царь». В античной мифологии Гордий — легендарный царь Фригии, тот самый, что завязал знаменитый узел. В христианской традиции почитается святой мученик Гордий, каппадокийский воин, объявивший себя христианином во время гонений при императоре Лицинии и казнённый в III веке. Память святого Гордия отмечается 16 января (по новому стилю). Таким образом, фамилия Горденко буквально означает «сын Горди» — человека, которого назвали в честь царя или святого.

Менее вероятна версия, связывающая фамилию напрямую с прозвищем Гордый. В пользу имени-основы говорит характерный суффикс -енко: фамилии от прозвищ в этой форме встречаются реже, а от имён — сплошь и рядом. Кроме того, в старых документах встречаются параллельные формы Горд, Гордя, Гордей, что указывает именно на именной корень. Если бы основой было прилагательное «гордый», мы бы, скорее всего, видели фамилию Горденко в значении «сын Гордого» — но такой переход фонетически неочевиден.

Интересная деталь: фамилия Горденко распространена не только на Украине, но и в южных областях России, особенно в казачьих регионах. Это объясняется тем, что имя Гордий было популярно в воинской среде — святой Гордий почитался как покровитель воинов. Носитель фамилии мог быть потомком запорожского или донского казака, носившего имя Гордий или его просторечную форму Горд.