Фамилия Гордонова — форма женского рода от фамилии Гордонов, и её стоит разбирать именно в мужском варианте. В основе лежит имя или прозвище Гордон. Само имя Гордон имеет двойное происхождение. Самая вероятная версия — шотландская: фамилия Gordon известна с XII века, от одноимённого баронства в Бервикшире. В Россию она попала вместе с иностранцами на службе — самый знаменитый носитель Патрик Гордон, сподвижник Петра I. Но фамилия Гордонова встречается не только у потомков шотландцев. В русской среде Гордоном могли прозвать человека за какую-то черту, созвучную этому слову: например, от диалектного «гордый» или «гордон» — так в некоторых говорах называли гордеца. Вторая, более редкая версия — от тюркского имени Кордон или Гордон, что значит «волк».

Модель образования простая: к основе Гордон добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем для женской формы — окончание -а. Таким образом, Гордонова — это «дочь или жена Гордона». Суффикс -ов типичен для фамилий, которые оформились в центральных и северных губерниях России, в среде крестьян и мещан. Дворянские фамилии с основой Гордон чаще оставались без суффикса (просто Гордон), а вариант с -ов указывает на более позднюю, народную адаптацию.

Географически фамилия Гордонова встречается рассеянно, без явного гнезда. Её можно найти в документах по Тверской, Ярославской и Вологодской губерниям — именно там чаще всего оседали обрусевшие иностранцы, получая фамилии по отцу с русским окончанием. Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века форма Гордонова записана как Горданова — с буквой «а» в корне, что подтверждает народную этимологию от слова «гордый». Такое написание — живая подсказка, что носители фамилии давно утратили связь с шотландским предком и переосмыслили фамилию на русский лад.