Фамилия Гордуков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или внешностью, а с ремеслом. В ней отчётливо слышен корень «горд-», но не от гордости как черты, а от «горд» — так в северных и сибирских говорах называли горшечника, мастера по глиняной посуде. Слово «горд» — вариант «горн» (гончарное дело), и первоначально прозвище Горд или Гордук давали тому, кто работал с глиной и обжигал горшки. Суффикс «-ук» в основе (Гордук) типичен для западных и северных русских говоров, а также для украинского и белорусского именования: он указывал на человека по занятию или по отцу. Фамилия Гордуков — патроним от этого прозвища: «чей?» — Гордуков, то есть сын или потомок Гордука.

Модель образования простая: прозвище Гордук (горшечник) плюс притяжательный суффикс «-ов». Такая схема характерна для фамилий крестьянского и посадского сословия, которые закрепились в XVI–XVII веках. В отличие от дворянских фамилий на «-ский», Гордуковы происходят из среды ремесленников или сельских мастеров. Есть и альтернативная, но менее убедительная версия: от имени Гордей (Гордий) через народную форму Гордук — как уменьшительное. Однако против этого говорит то, что от имени Гордей обычно образуются фамилии Гордеев, Гордин, Гордюков, а форма Гордук встречается именно в прозвищах по профессии.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской России — Вологодской, Архангельской, Кировской областям, где гончарный промысел был распространён, а слово «горд» в значении «горшок» фиксируется в местных говорах. Встречается она и в Зауралье, куда переселенцы принесли своё ремесло. В современных телефонных справочниках Гордуковы — редкость, но не исчезли полностью, сохраняя в фамилии память о предке-гончаре.